Tente shutdown -r now no terminal. Isso funcionou para mim quando tive problemas com reboot deixando-me no nível 1 em alguns servidores diferentes executando 13.04.
Acabei de me mudar do Windows 7 para o Ubuntu. Eu instalei o Ubuntu 12.10 no meu laptop Acer Aspire E1-471G, o hardware está listado abaixo:
O Ubuntu funcionou muito bem no início, mas depois começou a congelar no fundo roxo quando a barra de progresso passou um ponto de cinco quando desliguei ou reiniciei a partir do desktop. O comando reiniciar a partir do terminal também congela, mas o desligamento do terminal está OK.
Eu instalei o Bumblebee e o GNOME. Eu também instalei o Windows e usei o Ubuntu 12.04, mas ele congelou aleatoriamente, especialmente ao navegar pela Internet. Foi dito que o Ubuntu 12.10 poderia evitar esse problema, então eu instalei 12.10 ao invés de 12.04.
Tente shutdown -r now no terminal. Isso funcionou para mim quando tive problemas com reboot deixando-me no nível 1 em alguns servidores diferentes executando 13.04.