Você teria mais sucesso instalando, digamos, um DVD ao vivo ou um DVD inicializável na unidade USB que gostaria de usar como se estivesse fazendo uma instalação normal em um disco rígido interno. Basta alterar o local de instalação para essa unidade USB.
Um pouco de alerta, no entanto: as unidades USB são muito mais lentas do que um disco rígido tradicional, então seu desempenho não será muito bom.