O Ubuntu é um sistema operacional de código aberto. Ele foi projetado para ser gratuito e uma fonte aberta e a usabilidade é secundária. Tenho certeza que existem programas de notificação para Linux e só porque eles não são instalados por padrão não significa que eles não existam. A beleza de um sistema operacional de código aberto é que você basicamente pode fazer qualquer coisa neles, portanto, se quiser, você pode codificar seu próprio sistema de notificação e executá-lo em seu sistema. Eu recomendaria experimentar diferentes ambientes de área de trabalho para ver o que funciona melhor para você.
Eu encontrei este que parece fazer o que você quer fazer mais ou menos: link
Tenho certeza que, se você procurar bastante, verá que outra pessoa já fez um programa para fazer o que você quer.
Acima de tudo, lembre-se de que, ao usar um sistema operacional de código aberto e gratuito, não há limitações rígidas. Você pode alterar todo e qualquer componente do sistema para fazer o que quiser, portanto, se algo não se adequar às suas necessidades, altere-o.