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faça backup dos seus dados. Possivelmente inicializar com o LiveCd / liveusb, montar o hd e fazer backup dessa maneira.
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limpe o disco rígido, instale o novo Ubuntu.
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faça o trabalho de desenvolvimento de rootkit em máquinas virtuais a partir de agora.
sério, não há como alguém aqui conseguir descobrir como corrigir os resultados do rootkit que você escreveu para a aula.