Aconteceu acidentalmente um erro estúpido: Uma das primeiras coisas depois de instalar o Ubuntu é reduzir o tamanho padrão da exibição de lista no nautilus (já que todas as configurações padrão são muito grandes). Como resultado do meu reduce-all-sizes, eu devo ter mudado o "nível de zoom padrão" em "Predefinições do Icon View" (na aba "View" nas preferências do nautilus) para o nível mais baixo também. Como nunca usei a visualização de ícones, nunca percebi que fiz essa alteração e, de alguma forma, nunca me ocorreu que essas configurações afetam também a aparência dos ícones da minha área de trabalho. Então, no final, consegui resolva esse "problema" simplesmente definindo um nível de zoom de ícone de 100% no nautilus.