Se você está querendo apenas ter um boot de recuperação do Ubuntu (ou seja: você não planeja realmente personalizar uma instalação genuína do Ubuntu e apenas usá-la para administrar as caixas do Windows quando elas quebram), então eu recomendo baixar o Ferramenta Rufus para Windows que permitirá transformar quase qualquer ISO em um pendrive inicializável.
Se você deseja ter uma versão fisicamente instalada do Ubuntu, onde o pendrive é um substituto para um disco rígido, então, como já mencionado, você precisará de dois palitos - um para instalar e outro para instalar .
Nenhum desses caminhos fará alterações na sua instalação do Windows.