Se você estiver executando o Ubuntu a partir de um pen drive USB ou de um disco rígido USB 2.0, não poderá reclamar que está lento ou que tem problemas. Se você quer dizer "disco rígido USB" quando diz USB, leia mais adiante.
Dito isto, você pode tentar fsck (verificação do sistema de arquivos) o "USB" para ver se ele consertará seu problema ...
Para verificar o sistema de arquivos na sua partição do Ubuntu ...
- inicialize no menu GRUB
- escolha Opções avançadas
- escolha o modo de recuperação
- escolha Acesso raiz
- no prompt #, digite
sudo fsck -f /
- repita o comando fsck se houver erros
- digite
reboot
Se isso consertar seu disco USB, então ...
sudo fdisk -l
e verifique se você tem um problema de alinhamento de partição.