Porque apt-get está armazenando em cache os pacotes baixados em /var/cache/apt/archives/ e /var/cache/apt/archives/partial/ .
Se você quiser instalar um pacote apt-get primeiro procura o cache e só faz o download do pacote novamente se não encontrar esse pacote no cache.
Para esvaziar o cache, você precisa emitir um apt-get clean .