O instalador do Windows do Ubuntu, chamado Wubi, não é mais desenvolvido nem está incluído no disco do Ubuntu. Você pode instalar o Ubuntu de uma forma normal, o que é tão fácil quanto o Wubi e muito menos propenso a problemas.
Não há realmente nada para se preocupar, basta seguir a ajuda de instalação do Ubuntu e tudo será esteja OK.
Se você realmente deseja ter o Ubuntu dentro do Windows, recomendo usar a máquina virtual para isso. O VirtualBox é uma boa escolha: é grátis e fácil de usar.