Sempre tente usar o gerenciador de pacotes para suas instalações, para que você suporte uma longa vida útil do sistema, pois os pacotes dentro do gerenciador de pacotes são confiáveis e verificados.
A maneira padrão de instalar pacotes é através do terminal. No Ubuntu, você tem mais aplicativos "amigáveis", como o centro de software do Ubuntu.
Através do terminal você inicia todas as instalações dentro das distribuições baseadas no Debian (como o Ubuntu) com
sudo apt-get install
estendido com o nome do pacote que você deseja instalar.
Por exemplo, se você quiser instalar o eclipse, use
sudo apt-get install eclipse
Antes de instalar um programa, sempre favorece a instalação através do sistema de gerenciamento de pacotes. Consulte o link para obter mais informações. Espero que isso tenha sido uma ajuda para começar.