Usando awk :
awk 'NR==FNR{x[NR]=$3}{if($3>x[FNR]){print}}' File1 File2
-
NR==FNR{x[NR]=$3}: se o número do registro atual for igual ao número do registro do arquivo atual (ou seja, estamos processando o primeiro arquivo), o valor do terceiro campo será atribuído ax[NR]; -
{if($3>x[FNR]){print}}: se o terceiro campo for maior quex[FNR], imprime o registro.
% cat File1
judi /export/home 76
judi /usr 83
% cat File2
judi /export/home 79
judi /usr 82
% awk 'NR==FNR{x[NR]=$3}{if($3>x[FNR]){print}}' File1 File2
judi /export/home 79