Existem muitos, já que "instalar" significa mais ou menos o mesmo que "copiar um monte de arquivos com algum processamento paralelo".
Mas, de um modo geral, há dois que você já mencionou:
- Das "origens de programa" originais, com comandos explícitos de criação e cópia emitidos por você mesmo.
- Usando um "gerenciador de pacotes", usando "pacotes" criados por você ou por outra pessoa.
Em ambos os casos, existem dúzias de variantes. A principal vantagem de um gerenciador de pacotes é que ele torna a desinstalação mais fácil.
Uma introdução que explica que aqui está aqui:
No topo dos "gerenciadores de pacotes", como o DPKG, há "gerenciadores de dependências", como o APT, que criam listas de pacotes que devem ser instalados para fazer com que outro pacote funcione corretamente ou de forma alguma.