Eu suponho que você esteja instalando a partir de um ppa ou fonte externa que ainda tenha o pacote de 32 bits. Isso provavelmente não será feito, porque não é mais suportado. Por favor, forneça algumas informações:
apt-cache policy skype*
Além disso, você pode fazer o download do pacote deb de 64 bits diretamente do skype.com e usar o dpkg de um terminal para instalá-lo.
sudo dpkg -i ~/Downloads/skypeforlinux-64.deb