Com duas unidades flash USB, a ordem de inicialização pode ser confundida e você precisa fazer algumas alterações manuais ou problemas de driver de vídeo.
Mas para corrigir a instalação no disco rígido, parece que você instala a unidade flash, o grub instalado em sda, que é o padrão. Você deveria ter mudado isso para sdb ou sdc, qualquer que fosse o segundo flash drive. Então você precisa reinstalar um carregador de inicialização do Windows para sda ou seu disco rígido interno. Você pode usar o CD de reparos ou unidade flash do Windows ou o instalador ao vivo do Ubuntu com o Boot-Repair para adicionar um carregador de inicialização do tipo Windows.