O vinho não é um emulador . É simplesmente uma implementação das bibliotecas do sistema Windows para o Ubuntu. Não existe uma maneira mais rápida de executar um .exe no Ubuntu do que o Wine.
Se você quiser ter uma base de código compartilhada, você vai querer compilá-la no Ubuntu. Dependendo do idioma que você está usando e das chamadas do sistema que estão sendo feitas, isso será muito fácil ou muito trabalhoso.