Alguns editores de texto inteligentes tentam adivinhar qual codificação de caracteres está sendo usada. Neste caso, o gedit acertou enquanto o Vim escolheu outro conjunto de caracteres que faz sentido para ele ... mas não é exatamente o que você esperava. (Pode ter escolhido isso porque você poderia ter definido uma codificação padrão também).
Você pode obter a codificação de caracteres do arquivo com a linha de comando file -bi [filename] .
Você pode obter o conjunto de caracteres atual do comando vim :set fileencoding?
Você pode definir a codificação com :set encoding=<encoding>
Você provavelmente descobrirá que ele retorna algo como iso-8859-1. Considerando que seu arquivo pode ser codificado em UTF-8, UTF-16 ou Big5.
Você também pode definir a codificação do arquivo com :set fileencoding=<encoding> .
Se você abrir o arquivo e alterar a codificação de arquivo, ele tratará o arquivo como modificado e o salvará novamente na nova codificação.
Para mais informações, leia esta questão da SO: link
E um link prático para as opções de codificação de caracteres do vim está aqui: link