Bem, já que isso é Ask Ubuntu, isso pode ser resolvido, bem, usando o Ubuntu.
Pegue uma imagem do Live CD do Ubuntu (o desktop x86 ficaria bem) em ubuntu.com, grave (ou grave em USB se a sua máquina suportar inicialização USB e você tiver um pendrive disponível) e inicialize a partir dele. Supondo que você esteja desligando seu servidor de forma limpa - e supondo que você não tenha criptografado e / ou comprimido o drive C: do seu servidor - o Ubuntu deve ser capaz de montar a (s) partição (ões) NTFS do disco rígido e permitir que você edite o servidor. .ini arquivos (em cima de tudo o que você precisa fazer para redefinir / recuperar as senhas). Note que você não terá acesso ao MSCONFIG per se; em vez disso, você terá acesso ao gedit (como o Notepad, mas way mais poderoso), e você precisará saber onde o arquivo .ini está localizado.
Ou, enquanto você está nisso, você pode simplesmente instalar o Ubuntu e acabar com todos os problemas relacionados ao Windows:)