Para mim, esse problema foi causado pela propriedade incorreta de algumas pastas e arquivos em /usr
.
root@mybox-01:~# ls /usr -la
total 152
drwxrwxr-x 11 501 501 4096 Nov 27 15:03 .
drwxr-xr-x 26 root root 4096 Dec 25 15:00 ..
drwxrwxr-x 2 501 501 57344 Dec 28 09:27 bin
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dec 25 19:45 games
drwxr-xr-x 35 root root 4096 Dec 25 19:45 include
drwxrwxr-x 167 501 501 36864 Dec 28 09:27 lib
drwxrwxr-x 3 501 501 4096 Nov 27 15:03 lib64
drwxrwsr-x 10 root staff 4096 Dec 24 18:34 local
drwxr-xr-x 2 root root 12288 Dec 28 09:27 sbin
drwxrwxr-x 278 501 501 12288 Dec 28 09:27 share
drwxr-xr-x 5 root root 4096 Dec 28 09:27 src
A correção foi fazer chown root.root -R /usr
Em seguida, execute o comando VBoxManage extpack install <package>
file novamente.
Não sei como isso foi causado, mas espero que a "correção" não quebre nada no meu sistema.