Tente executar
autoreconf
./configure
make
no diretório raiz do seu projeto.
Se isso não funcionar, tente executar make maintainer-clean primeiro e depois vá para a etapa 1.
Se isso ainda não funcionar, execute make maintainer-clean e exclua todos os arquivos gerados no diretório raiz do seu projeto; incluindo aclocal.m4 , qualquer m4 diretório, qualquer autom4te.cache diretório, configure , Makefile.in , config.h , config.h.in , config.status , libtool , ltmain.sh , etc. Então vá para passo 1.
Do usuário mspoerr nos nossos amigos em Stackoverflow .