O Ubuntu vem com ambas as versões, sim. O comando python
irá sempre apontar para uma versão do Python 2.xe python3
sempre apontará para a versão padrão do Python 3.x. O comando python
nunca apontará para o Python 3.x.
Não tenho certeza do que o Geany usa exatamente, mas suspeito que ele use o Python 2.x (e, portanto, coloque #!/usr/bin/python
(ou deveria colocar, se usar /usr/bin/env python
) nos scripts que ele gera.