No melhor de meu conhecimento, nenhuma das ferramentas antivírus do Linux (Ubuntu) removerá vírus de arquivos infectados. As únicas opções para deletar ou colocar os arquivos em quarentena. Você não pode remover o vírus de arquivos infectados para limpar os arquivos de qualquer forma.
Sua melhor opção é identificar o vírus, vírus ou outro malware e, em seguida, pesquisar no Google por opções de recuperação.
Uma das muitas ferramentas é clamav. Para informações sobre como usar clamav veja
Como colocar em quarentena ou excluir arquivos infectados pelo ClamAV?