É intencional que, por padrão, os snaps confinados não possam acessar suas chaves ssh (ou mesmo qualquer coisa em pastas / arquivos ocultos em seu diretório pessoal) por um bom motivo. Você não quer que um aplicativo aleatório pegue suas chaves e as envie para um servidor remoto.
No entanto, você pode copiar todas ou algumas de suas chaves de ~/.ssh
para o diretório inicial que o snap vê em ~/snap/gitkraken/current/