Acabei procurando manualmente por arquivos da área de trabalho no terminal e renomeando-os para quebrar o ícone do inicializador. Uma vez identificado, consegui eliminá-lo.
# export a list of all desktop files
sudo find / -name '*.desktop' > desktop_file_list
# read and grep each one looking for ( in this case ) 'Hangouts'
while read p; do if [ -f "$p" ] && grep -q Hangouts "$p" ; then echo "$p"; echo; cat "$p"; echo; echo; fi ; done < desktop_file_list
# rename
sudo mv /path/to/desktop/file.desktop /path/to/desktop/file.desktop.bak
Em seguida, tente abrir o programa no menu Iniciar ou de qualquer maneira. No meu caso, usando o Gnome 3, aperte super e digite o nome do programa.
Se for o arquivo errado, repita o comando sudo mv
trocando .desktop por .desktop.bak