Isso é meio hacky, mas reiniciei algumas vezes e parece estar funcionando.
Eu fui para /home/[user]/.config/autostart e encontrei o atalho do Dropbox. Eu abri e mudei o comando (eu queria iniciá-lo usando o dbus-launch, e foi isso que eu fiz, mas se você não quer começar o Dropbox, eu acho que você pode simplesmente deletar tudo no campo Command).
Então, para evitar que o Dropbox o sobrescreva da próxima vez que for iniciado, eu fui às permissões do atalho e o configurei para que Ninguém tenha permissão para alterar o conteúdo.
Até agora parece ter resolvido o problema.