Na minha instalação limpa do Ubuntu MATE 18.04 LTS os seguintes comandos
desabilitado tecla esquerda Super / Win :
gsettings set org.mate.mate-menu hot-key ''
gsettings set com.solus-project.brisk-menu hot-key ''
Se você quiser recuperá-lo, o valor padrão de ambas as chaves é 'Super_L'
.