Você pode inserir vários padrões de conversão separados por ; :
rename 's/1/A/; s/2/B/' *
Se você quiser alterar todas as ocorrências de 1 e 2 em vez de apenas as primeiras, use o modificador g (global):
rename 's/1/A/g; s/2/B/g' *
Exemplo:
$ ls -1
1234
4321
foo12bar
spam23egg
test
$ rename -n 's/1/A/; s/2/B/' *
1234 renamed as AB34
4321 renamed as 43BA
foo12bar renamed as fooABbar
spam23egg renamed as spamB3egg
$ rename 's/1/A/; s/2/B/' *
$ ls -1
43BA
AB34
fooABbar
spamB3egg
test