Use apenas aspas simples ao redor do comando alias declaration para que a substituição do comando ( pwd ) não ocorra enquanto declarar (e só será expandida quando o alias for chamado):
alias clone='gnome-terminal --working-directory='pwd' & disown'
Comece também a usar a sintaxe de substituição de comandos $() em vez de% e '' :
alias clone='gnome-terminal --working-directory="$(pwd)" & disown'
Observe também que gnome-terminal é projetado de tal maneira que sempre que você faz
gnome-terminal
abriria uma nova janela com o mesmo PID do original. Isso ocorre porque é o mesmo processo pelo design, sair não mata o (s) outro (s). Então você não precisa do disown e do backgrounding ( & ), apenas:
alias clone='gnome-terminal --working-directory="$(pwd)"'
faria.
Além disso, como apontado por @Digital Trauma, gnome-terminal sempre começa no diretório de trabalho atual, portanto, --working-directory não é necessário, pois você o define como pwd . Então você pode apenas fazer:
alias clone='gnome-terminal'