Se você está tentando substituir o GNOME com i3 muito mais leve, é esperado que muitos aplicativos de GUI, dependendo do GNOME seria desinstalado devido a dependências também.
Em relação aos seus exemplos:
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blueman
depende degnome-icon-theme
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network-manager
recomendanetwork-manager-gnome
Se você quiser mantê-los, precisará manter as partes necessárias do GNOME. E como mencionado no comentário , certifique-se de ter um backup strong> antes de tentar quebrar fazendo uma modificação tão séria na sua instalação do Ubuntu.