Você pode decidir sozinho. Mas nos meus sistemas (principalmente 16.04 LTS) eu desativei ambos com:
sudo systemctl disable apt-daily.service
sudo systemctl disable apt-daily.timer
sudo systemctl disable apt-daily-upgrade.timer
sudo systemctl disable apt-daily-upgrade.service
Devido ao fato de que algumas funcionalidades da área de trabalho são fornecidas por update-manager
e
Eu não quero receber mensagens de erro sobre lock -files em diretórios de arquivos ou listas sempre que eu executar apt
manualmente.