Este é o erro da Debian # 844453 . apt-daily.service
não deve ser executado durante a inicialização, mas apenas algum tempo depois.
Como solução alternativa, use sudo systemctl edit apt-daily.timer
e cole o seguinte texto na janela do editor:
# apt-daily timer configuration override
[Timer]
OnBootSec=15min
OnUnitActiveSec=1d
AccuracySec=1h
RandomizedDelaySec=30min
Isso altera o "timer" que aciona apt-daily.service
para ser executado em um tempo aleatório entre 15 min e 45 min após a inicialização e uma vez por dia depois disso. Veja o systemd.timer manpage para mais (não muito bem escrito, infelizmente) explicação do que isso significa.