O System Monitor que está pré-instalado no Ubuntu 18.04 é instalado através do pacote de snap , não do tradicional apt repo. Você pode verificar isso executando snap list , a saída deve conter gnome-system-monitor .
O ambiente de execução de snap não vê nenhum dos ícones em seu sistema (local ou em todo o sistema). Então, isso é um pouco um comportamento esperado.
Como solução alternativa, você pode remover os aplicativos de snap executando
snap remove gnome-system-monitor
e instale o tradicional executando
sudo apt install gnome-system-monitor