O problema estava relacionado às configurações do Gnome.
Apagar todas as configurações ajudou:
sudo rm -rf .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity .cache .dbus .dmrc .mission-control .thumbnails ~/.config/dconf/user ~.compiz*
Eu explorarei a configuração que exatamente causou o problema.
UPDATE
Eu não poderia imaginar que essa configuração poderia afetar o gerenciamento de janelas ou algo relacionado a elas!
Allow different sources for each window
causa esse comportamento estranho de janelas de vinho!
P.s. eu posso de alguma forma entender tais erros inaceitáveis como segfaults no gnome-software-center, MAS INPUT SOURCE, envergonhe seus desenvolvedores Gnome!