Acabei de criar um USB persistente ao vivo do ElementaryOS em um pendrive de 32GB seguindo este guia incrível .
O problema é que o mkusb deve permitir que você use o espaço restante como um pendrive comum de armazenamento, conforme declarado no wiki da comunidade :
The rest of the drive space is used for storage compatible with Windows
... o problema é que isso não acontece, o Windows 10 vê a partição FAT32 inutilizável e me pede para formatá-la. A ferramenta de gerenciamento de disco do Windows não é capaz de formatá-la, alterar letras ou qualquer outra coisa (embora ela me mostre corretamente as partições que o mkusb criou na unidade USB).
Eu também tentei no OSX e no ElementaryOS e não tenho problemas, posso montar, ler e escrever corretamente na partição de armazenamento.