Acho que seu principal problema parece ser que você está executando no modo de renderização de software. Isto está utilizando sua CPU em vez de GPU para renderização. Vá para Software & Atualizações na guia Drivers Adicionais para verificar se você está executando os drivers de vídeo corretos.
Eu também notei no seu screenshot original do htop que você estava com 2GB no seu espaço de swap. À medida que você começa a ficar sem espaço de troca, o kswapd consome muita CPU e IO. A única solução aqui é ter menos coisas em execução ou adicionar mais memória ao computador.