Pesquisando um pouco, encontrei em ~/.config/dconf/user
.
Isso não é um arquivo de texto, no entanto, é um arquivo GVDB . Você pode editá-lo com o aplicativo "dconf Editor": desça para o org.gnome.shell, e você pode editar a chave "command-history".
Ou, na linha de comando:
# query
gsettings get org.gnome.shell command-history
# clear history
gsettings set org.gnome.shell command-history '[]'