GTK2 e GTK3 podem ser instalados independentemente.
Existem aplicativos que requerem o GTK2 e esses requerem o GTK3.
Então você pode querer manter os dois.
Você tem um sistema operacional de 64 bits.
Os pacotes amd64
são necessários para aplicativos de 64 bits.
Os pacotes i386
são necessários para aplicativos de 32 bits.
Se você não tiver nenhum aplicativo de 32 bits instalado, poderá desinstalar com segurança a versão i386
.
Embora não haja nenhum mal em manter todos eles.
Estou assumindo que você não instalou uma versão não suportada do GTK usando PPAs.
Se você os instalou de repositórios oficiais, está tudo bem.