Parece ser um problema com o shell do GNOME.
Mas você pode substituir o formato de data usando um shell do GNOME extensão chamado Substituição do relógio . Deixa você
Override the Gnome Shell clock with a new time format or text of your choice.
Ele suporta formato strftime
do Python (assim você poderá definir o formato "%d/%m/%y"
de sua preferência). p>