Eu não tenho experiência em primeira mão no applet nm desaparecendo da questão do painel MATE, mas foi respondida aqui:
O Ubuntu 18.04 LTS inclui o network-manager-l2tp no repositório padrão, não há repositório de PPA que precise ser adicionado.
A menos que você esteja usando o KDE, você também precisa instalar o componente do editor de conexão baseado em GNOME com:
sudo apt install network-manager-l2tp-gnome
O Ubuntu 18.04 LTS vem com o kernel 4.15, infelizmente o kernel 4.15 quebra o xl2tpd (que fornece suporte ao L2TP):
Portanto, substitua /usr/sbin/xl2tpd
por um xl2tpd criado a partir do ramo 1.3.12 git, que possui uma solução para o kernel 4.15:
git clone -b 1.3.12 https://github.com/xelerance/xl2tpd.git
cd xl2tpd
make
sudo cp xl2tpd /usr/sbin/xl2tpd
Por favor, vote também no bug do Ubunto 18.04 xl2tpd para receber mais atenção: