Você pode verificar o arquivo ifstate de ifupdown, que informará se foi isso que foi usado para configurar a rede:
/run/network/ifstate
Se estiver lá e contiver texto, você pode esperar que o ifupdown esteja em uso. Se não estiver presente, o sistema provavelmente é gerenciado via netplan (mas isso não lhe dirá se é NetworkManager ou systemd)
Então, se você quiser saber qual back-end é usado para uma interface específica, você pode perguntar ao netplan e analisar a saída para obter as informações necessárias:
netplan generate --mapping enp3s0
Produz texto assim:
id=enp3s0, backend=NetworkManager, set_name=(null), match_name=enp3s0, match_mac=(null), match_driver=(null)
Dessa forma, você também pode saber usando quais regras de correspondência a interface foi configurada (você usa o nome "final" de uma interface para verificar o mapeamento, ele informa qual regra de correspondência está no YANL do netplan correspondente a ela).