Você provavelmente seguiu essa etapa da documentação :
Você desejará adicionar o comando à fonte /usr/local/bin/virtualenvwrapper.sh ao seu arquivo de inicialização do shell, alterando o caminho para virtualenvwrapper.sh dependendo de onde ele foi instalado por pip .
A instalação do virtualenvwrapper não incluirá nada na inicialização do seu shell e você não teria o erro na sua pergunta sobre como abrir um novo console.
Eu não posso adivinhar onde exatamente você modificou sua configuração do shell, mas se você usar o Bash, provavelmente você o colocou em ~/.bashrc ou ~/.profile :
export WORKON_HOME=~/Envs
source /usr/local/bin/virtualenvwrapper.sh
Basta remover essas linhas e tentar criar uma nova janela de terminal.