infelizmente, o gedit não tem essa função ... No entanto, o GNU Emacs tem a função que você quer!
Para instalá-lo, você deve digitar:
sudo apt-get install emacs
Depois de instalado, você pode criar um novo buffer (ou seja, um novo arquivo). Dependendo da extensão do arquivo, o Emacs mudará os menus para oferecer opções apropriadas ...
Para um teste simples, você pode criar um novo arquivo de script de shell (com a extensão ".sh"). Depois de salvar o arquivo, um novo menu "Sh-Script" aparecerá. Este menu tem duas opções relacionadas à sua demanda: "Execute Script ..." e "Execute region".
Eu não sei que tipo de arquivos você quer usar esta funcionalidade, mas você pode tentar usar o Emacs!
Atenciosamente,
Rafael.