Deve haver uma opção para fazer isso quando você clica com o botão direito do mouse em uma pasta:
Acabei de configurar o UbuntuOne e estou pronto para sincronizar. A pasta Meus documentos tem a opção de sincronizar, mas não as subpastas individuais. Não quero sincronizar toda a minha pasta Documentos - existe alguma maneira de selecionar apenas subpastas específicas para sincronizar?
Deve haver uma opção para fazer isso quando você clica com o botão direito do mouse em uma pasta:
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