Você pode tentar os comandos abaixo:
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sudo apt-get clean && sudo apt-get autoclean
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sudo apt-get update
Os comandos acima limpariam o cache do repositório e atualizariam o sistema. Esses comandos resolveriam seu problema se fosse com o software.
Se o problema persistir, é provável que você tenha uma conexão de rede ruim. Solucione problemas de seus dispositivos de rede, como roteadores e switches ou outros equipamentos de rede.