Sim, não há motivos para não funcionar, desde que seu backup esteja armazenado em algum lugar fora do PC em questão. (Desculpe, mas eu tive que falar sobre isso - você ficaria surpreso onde as pessoas colocam seus backups ...)
Embora o Deja-Dup seja bastante opaco e seja difícil descobrir o que ele está fazendo às vezes, ele me serviu bem.
Se eu estivesse fazendo o que você propõe, eu pegaria um clone Clonezilla do meu sistema atual primeiro, para que eu pudesse voltar ao ponto de partida, se as coisas fossem para o sul.