É provável que o processo que ocupa a CPU não seja um programa que você está executando, mas um processo do sistema.
Para ver outros processos no Monitor do Sistema, vá ao menu (vertical, 3 linhas, na parte superior) e selecione a opção "Todos os Processos", em vez do padrão "Meus Processos"
Se você gosta de ver isso em texto (o que também será mais conveniente para recortar e colar em perguntas), você pode usar o comando ps para listar processos:
Abra um terminal ( ctrl+alt+t )
escreva ps -el' to get a list of running processes
write top 'para monitorar processos e cpu
Usar isso ajudará a identificar o processo que usa recursos e procurar uma solução mais específica.