Parece que você tem uma cópia do 40_custom como 40_custom.save. E o grub-update executa qualquer arquivo em /etc/grub.d que começa com dois números & um sublinhado e tem o bit de execução ativado.
Portanto, desative o bit de execução de 40_custom.save ou exclua esse arquivo.
sudo chmod a-x /etc/grub.d/40_custom.save