O que acontece:
Eu tenho (por exemplo) o LibreOffice Calc aberto, com algumas colunas de dados. Eu realço as colunas que quero marcar e, em seguida, seleciono INSERT > GRÁFICO. A caixa de diálogo da janela filha do gráfico aparece em cima dos meus dados, então eu quero movê-la para o lado.
Quando eu pego a barra superior e movo-a, a janela pai (planilha eletrônica) é minimizada (acho que ela realmente desaparece). Continuando com o exemplo acima, se eu clicar em FINISH na janela do gráfico, poderei ver o aplicativo de planilha minimizada, que é a barra de título da janela, além da barra de menu logo abaixo dela.
Isso parece um comportamento muito estranho e certamente se enquadra na categoria de "não ser útil para o usuário", já que a ideia de mover a janela filho em primeiro lugar era apenas para poder ver melhor a planilha!
Em outros aplicativos, por exemplo, o visualizador de PDF, ocorre um problema ligeiramente diferente. Quando tento mover a janela filho (por exemplo, a caixa de diálogo de impressão), o pai não minimiza, mas segue a janela filho. Isso é menos surpreendente do que fazer com que os pais desapareçam completamente, mas igualmente inúteis, em termos de permitir que o usuário veja as informações presentes na janela pai.
Atualização de 2017/11/06
A resposta de Pomsky abaixo resolve o problema, mas me deixa imaginando por que o gerenciador de janelas está tomando a decisão de que todas as janelas filhas têm comportamento modal (ou não), e não as próprias aplicações; e, além disso, por que o comportamento modal evita mover a tela filho ao ocultar informações úteis na tela pai. Nenhum desses parece bom design para mim ...