A pasta .wine
é onde tudo "wine" é armazenado, incluindo configurações e o sistema de arquivos emulado, o "virtual C." como você chamou.
Se você já excluiu o Wine, você pode e deve remover a pasta .wine
inteira (a menos que você queira reinstalar o Wine depois e manter as configurações antigas e o software instalado).
Nenhum problema deve ocorrer removendo-o.