Frequentemente, para evitar problemas, é mais fácil desconectar apenas uma unidade durante a instalação. A maioria dos desktops não precisa de boot separado, a menos que seja usado o LVM com criptografia total (e isso pode não ser necessário agora). E as versões mais recentes do Ubuntu usam o arquivo de troca. Ele usará uma partição de troca se for encontrada durante a instalação. Se a UEFI e não desconectar a unidade, você deve particionar manualmente com antecedência e incluir o ESP em ambas as unidades.
Partição antecipada:
Como preparar um disco em um PC baseado em EFI para o Ubuntu?
Particionamento durante a instalação, mas você não receberá ESP na segunda unidade a menos que uma unidade seja desconectada: Como usar o particionamento manual durante a instalação?
Com várias instalações, não compartilhe / home ou / boot ou qualquer partição do sistema. Se você quiser dados compartilhados melhor para ter uma partição de dados separada. Eu uso / mnt / data e link pastas em cada instalação. Detalhes: