Não, isso não é um problema. O Ubuntu, como o Windows, tem um gerenciador de boot e esse gerenciador de boot é instalado por padrão no primeiro disco rígido 1 . A imagem que você mostra apenas sugere que o gerenciador de boot (GRUB) e o Windows do Ubuntu estão instalados na mesma unidade. Isso não significa que os sistemas operacionais estão na mesma unidade, apenas que a BIOS vê dois gerenciadores de inicialização lá.
A menos que você não consiga mais inicializar o Windows, caso em que esse é um problema diferente, tudo ficará bem.
1 OK, estritamente falando, em sistemas modernos, ele é instalado na partição EFI que geralmente está na primeira unidade física.